San Rafael tiene una extensión territorial de 6.759 hectáreas, se encuentra localizada al sur de la Provincia del Azuay, a 11 Km. de la vía Giron-Pasaje (sector tendales).

Sus límites son: Al norte, al este y al oeste limita con la parroquia Pucará (cantón Pucará), y al sur limita con la parroquia Abañin cantón Zaruma – provincia de El Oro., considerando la población del último censo la densidad poblacional es de 27,17hab.

La parroquia tiene una red vial de tercer orden que une el centro parroquial con las comunidades de Guarumal, Dagnia, Huasipamba Paraiso, tullosiri, Chaguar, Quillosisa-sacucal Santa Marta y con la vìa de primer orden Giròn – Pasaje las comunidades de La Cascada, El Pindo, San Sebastián y Tendales.

Toda la extensión territorial forma parte de la Cuenca Hidrográfica del río Jubones, en la Subcuenca de los ríos Vivar, Guarumal y microcuencas pequeñas.